路线①(快速游览路线)
入口 → 总统府大堂 → 麒麟门 → 总统府文物史料陈列 → 子超楼 → 防空洞 → 行政院 → 清两江总督署史料展 → 陶林二公祠 → 马厩 → 煦园 → 桐音馆、石舫 → 夕佳楼 → 孙中山临时大总统办公室 → 漪澜阁 → 孙中山起居室 → 忘飞阁、花厅 → 江苏禁毒展览馆 → 出口
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路线②
东线(东苑):总统府大门楼—晚清与民国历史陈列—总统府军乐队—马厩—陶林二公祠—国民政府行政院—国民政府五院文物史料陈列—复园—洪秀全与天朝宫殿历史文物陈列—清两江总督史料展等景点。
中轴线:总统府门楼→东朝房→西朝房→大堂→总统府礼堂—中堂—总统府会客厅—总统府文物史料陈列(民国政要文物捐赠展)—子超楼—防空洞。
西线(煦园): 孙中山起居室—漪谰阁—孙中山临时大总统办公室—夕佳楼—石舫—鸳鸯亭—桐音馆—“枫桥夜泊”诗碑。