2005年，Twins正式发展国语市场，推出首张国语唱片《见习爱神》，全亚洲销量达80万张。7月为配合商业电台广播剧《36计》宣传，首次以个人名义将歌曲《鱼蛋歌》派台；亦为电影《情癫大圣》歌曲《爱》的粤语版首次填词。
2006年1月，于红馆举行四场“一时无两演唱会”，同年获香港杜莎夫人蜡像馆邀请于馆内设立蜡像，当年23岁的她是最年轻获邀于馆内设立蜡像的香港艺人。9月推出首支由她亲自作曲的歌曲《你不是好情人》，收录于专辑《Ho Hoo Tan》中，此曲是她花了三年时间去创作的作品。
2007年，蔡卓妍在多个电影颁奖礼上夺得奖项，对其演艺成就及演技作出肯定。在“香港特区10周年电影选举”中，获得由观众投票的“我最喜爱新世代女演员”及由业内人士选出的“最具潜质女演员”奖项。在“香港国际影视展及香港亚洲电影投资会2007”期间进行“香港影视业调查报告”中，亦得参展的业内人士选为“香港电影市场最卖座女艺人”之一，属当中最年轻的入选艺人。她亦自该年起，连续三年入选此项调查。蔡卓妍于7月凭《妄想》在“第十一届韩国富川国际幻想电影节”首夺“最佳女主角”奖，并于9月在“第十二届香港电影金紫荆奖”凭电影《戏王之王》中饰演三级片女星单丹一角夺得“最佳女主角”，以及“最受欢迎女主角”，成为双料影后，也是她于香港首个影后殊荣；亦因此片而拜戏剧大师詹瑞文为师，继续进修演技。另外，蔡卓妍亦有参与电视综艺节目演出，主持五集真人骚《阿Sa真人Show》。
2008年1月，Twins于2007年度“十大劲歌金曲颁奖典礼”中首次夺得“亚太区最受欢迎香港女歌星”后，受拍档钟欣桐事件影响，蔡卓妍开始作独立发展，但对其人气及工作量并无负面影响，除继续出演电影、拍摄广告外，7月推出与父亲合撰的首本着作《单？亲？爱》，描述她与父亲的单亲家庭生活，收益用作慈善用途，推出仅两日即告全面售罄；8月为“愿望成真基金”筹款，推出首张单曲唱片《Make A Wish》。另外，蔡卓妍再凭《戏王之王》获“第二十七届香港电影金像奖”及“第十四届香港电影评论学会大奖”影后提名；音乐方面，与新加